北交所针对投资者的核心交易费用主要包含券商佣金、印花税、过户费与交易经手费四项，此外针对上市公司还设有上市初费、上市年费等，整体费用结构清晰，部分费率可协商，部分为监管固定标准。
券商佣金是投资者交易时支付给证券公司的服务费，是北交所交易成本中最具弹性的部分。根据北交所规定，佣金费率上限为成交金额的3‰，目前市场主流默认费率在万3左右，资金量大或交易频繁的用户可协商下调，部分券商能给到万2至万1.5的优惠费率，且佣金实行双边收取，即买入和卖出均需缴纳，多数券商设有单笔5元的最低收费门槛，这笔费用通常已包含了后续的经手费等规费，不会再单独列项收取。
印花税是国家税务部门统一征收的税费，为固定不可协商费率，仅在投资者卖出股票时单边收取，当前执行标准为成交金额的0.5‰，也就是万分之五，该标准自2023年8月28日印花税减半政策后实施，与沪深交易所保持一致，是交易环节中除佣金外的主要成本项，无论投资者资金规模大小，均按统一标准执行。
过户费由中国证券登记结算公司收取，用于股票权属变更登记，费率极低，按成交金额的0.01‰双向收取，买卖双向都产生，十万元成交额仅产生1元过户费，几乎可忽略不计。交易经手费则是北交所直接收取的费用，2023年8月28日起下调至按成交金额的0.125‰双边收取，该费用属于交易所规费，一般包含在券商佣金内，不会单独向投资者收取，相比沪深交易所的万0.341，北交所经手费要高出不少，也是其整体交易成本略高于沪深市场的主要原因。
